После ваших предложений появилось несколько идей.

Захват территорий
Сражение можно начинать через 30 минут (или 60, надо ещё думать) после объявления войны атакуемому клану уполномоченным представителем атакующего клана. Длительность сражения можно сделать 1 час. В стадии сражения в чанках, доступных для захвата, атакующего и атакуемого клана появляется возможность строить и разрушать блоки членам этих кланов.

Это позволит атакующим разрушать любые барикады, установленные защитникам. Защитникам придется грамотно производить захваты новых территорий для создания безопасных владений клана, грамотно строить защиту для сражений, появится возможность во время атаки производить контратаку на территории клана агрессора.
Для захвата чанка можно использовать специальный блок с определенным количеством жизней (например 5к или более), который будет покупаться у НПС на спауне за алмазы (стоимость определяется: 1 + количество земель во владении клана). Для захвата чанка необходимо установить этот блок в любое место чанка (по высоте выше у=60) и защищать его от разрушения в течении 5 минут.
Использование такого блока на нейтральном чанке сделает его собственностью атакуемого клана. Использование такого блока на чанке вражеского клана сделает его нейтральным. Следовательно, для захвата вражеского чанка в свою собственность придется устанавливать 2 таких блока, сначала сделав чанк нейтральным, потом сделав чанк захваченным.

Временные ограничения проведения захватов
Для комфортной игры можно разрешить объявление войны только в следующие часы: с 17 до 23 часов по московскому времени. Интервала в 6 часов, наверное, должно хватить для проведения сражений в самые основные часы онлайна.
Зону доступных для захвата чанков можно обновлять ежедвневно перед этим интервалом, следовательно любой клан за день не сможет потерять чанки не доступные для захвата, а значит в них смогут размещать склады и безопасные укрытия с точками спауна своих игроков.