Собственно, по мотивам жалоб от игроков в [url=http://forum.minecraft-galaxy.ru/topic/119678]данной теме[/url] хочется обсудить и изменить систему перезагрузки файлов.

Во-первых, непонятно, зачем упаковали старый добрый minecraft.jar в mcgl.jar? Объясните, для чего это было сделано?
Во-вторых, хотел бы предложить такую систему: хэш-суммы не проверяются пока нет обновления и присутствует файл version.md5 и update_f.lst, в случае обновления данные файлы перекачиваются и начинается проверка хэш-сумм, так же, если игрок хочет вручную перекачать часть клиента - достаточно удалить эти файлы. В общем если файлы скачиваются - начинается проверка, если они уже существуют - ничего не происходит. Все равно в клиенте особо модифицировать для получения преимущества нечего, да и другие виды защиты тоже присутствуют. Выдвигаю тему на обсуждение.

Если удалить эти файлы, автообновления не будет?

Замена стандартных файлов клиента исключена, обсуждать тут нечего. Установка же дополнений это тема отдельная и с модификацией клиента и тем более механизмом обновления она не связана никак.