При качке уровня стройки, после обновления чанка, если начинаешь ставить блоки там где до этого были другие блоки(булыги в моем случае) то уровень стройки не идет.

Не ошибка - игроку не засчитывается стройка и разрушение блоков в местах, где он их уже строил или разрушал до следующего рестарта сервера вне зависимости от того, как эти блоки туда попали или были убраны.