Я играл за своего твинка с профессией шахтёр. Разрушал блоки буром первой модели. Некоторые блоки через несколько секунд стали восстанавливаться. Я перезашел на сервер и блоки камня стали гравием.
Возможно ли это исправить своими методами или это баг именно клиента/сервера?

Хм... Никогда с подобным не сталкивался, возможно ты попал в период вайпа.
Поясню: вайп сначала заполняет камень всякими блоками, рудами и т.д. Потом, в один момент происходит заполнение камнем, а затем повторяется заполнение рудами и мягкими блоками.
Вроде так)

KTO_TO_man, вряд ли, учитывая, что это случается в разных местах, в разное время.

MegaTiger, это был вайп.

Это уж точно не ошибка с прорисовкой блоков. Чанки вайпаются постепенно в разное время, так что тут именно этот случай.