После обновления от 31 августа, содержимое файла user-gui.xml (\AppData\Roaming\MCGL\MinecraftLauncher2\repository\mclient\bin\minecraft.jar\xml\user-gui.xml) перестало влиять на интерфейс. Файл gui.xml тоже не влияет.
Так что теперь положение элементов интерфейса невозможно настроить.

Все верно. Папки minecraft.jar в клиенте больше нет и соответственно никакие файлы из нее клиентом не используются. Настройки интерфейса теперь лежат тут: http://f1.mcgl.ru/mclient/bin/media/xml/, как и большинство других ресурсов.