При любом обновлении файл user-gui.xml обновляется, и, соответственно, все настройки панелей GUI теряются, т.к. хранятся в нём.
Я считаю, что обновление должно работать с этим файлом так же, как с файлом options.txt. Я не знаю точного алгоритма работы с последним, но, судя по всему, он закачивается, если отсутствует, а в противном случае не обновляется.

Разве это ошибка? Замена настроек в user-gui.xml не является опциональной и теоретически не должна сохранятся после обновлений.
+ обновления происходят не так то часто, можно где-то рядом просто сохранить его и копировать.

Настройки панелей GUI описаны в Вики, так что их нельзя назвать недокументированной возможностью. (А о том, что эти настройки нестабильны, там как раз не написано.)
Обновления случаются нечасто, но когда случаются - это происходит в виде целой серии обновлений клиента. Да, я храню копию этого файла и копирую каждый раз после обновления, но делать это каждый день во время такой серии раздражает.

Но в общем ничего не имею против классификации этого как предложения, а не ошибки. Главное, чтобы было реализовано.