Опишу проблему на конкретном примере.

1. На Атлантиде шахтёром берём у Флейтистки квест на белую светопыль.
2. Берём в инвентарь 5 железа и 96 обычной светопыли в одну ячейку инвентаря.
3. У Флейтистки заходим в интерфейс отдачи ресурсов для квеста.
4. Кладём в слот для железа 5 железа и жмём Шифт+ЛКМ на ячейку в нашем инвентаре, содержащую 96 светопыли.
Из инвентаря исчезает 96 светопыли, в ячейке Флейтистки появляется только 64.
5. Вынимаем из ячейки Флейтистки в инвентарь 48 светопыли, так, чтобы осталось 16, и нажимаем "Отдать предмет".
Флейтистка начинает производство белой светопыли; в инвентаре остаётся 48 обычной светопыли; 32 нашей светопыли мы необратимо потеряли.

Если "Отдать предмет" не нажимать, а отменить отдачу предметов, то проблемы не будет: исчезнувшая светопыль вернётся к нам в инвентарь.
Но после нажатия "Отдать предмет" она уже никогда не вернётся.

Проблему можно получить и не шахтёром: для этого на шаге 4 нужно сначала положить 32 светопыли, потом нажать Шифт+ЛКМ на оставшихся 64.

Следует сделать так, чтобы при перемещении предметов нажатием Шифт+ЛКМ излишек оставался в инвентаре, как это происходит при перемещении, например, в печку.