Буквально сегодня утром, перед рестартом серверов, обновился клиент.
Админ бегал и скринил разные штуки. Мы попали в кадр.
После не долгой переписки выяснилось:
В <client-minecraft>\bin\minecraft.jar\shader\config.txt
Ставим water_mode 2

После чего у меня тоже вода стала великолепной.

Для того чтобы исключить некоторые блоки из рендера воспользуйтесь этой строчкой в конфиге:
//transparent block ids to be excluded from water effect (not implemented)
exclude_list

P.S Люди с ХД паком проверяли у них шейдеры не работали.