Дело в изначально темных чанках. Поскольку вся пустая территория со скрина была, по сути, под водой (биом океана), то и света изначально там быть не могло. Вайпер чанков работает быстрее, чем прогрузка освещения в изначально темных частях зоны, от чего и появляется это "не пересчитанное освещение", о чем тебе выше писал kriponeko.

Как известно: игрок прогружает территорию до 128х128 вокруг себя. Соответственно, используя вайпер, который может убирать территорию за раз гораздо больше размером чем игрок способен прогрузить - получаются такие участки. Тот же осветитель и/или любой другой источник света должен решить проблему.