Вообще не обязательно, удалив update_f.lst который хранит md5 хэши к каждому файлу при повторном запуске игры он сгенерирует новый список хэшей к Minecraft.jar соответственно и сверит с имеющимся на сервере, если файл был действительно поврежден, он перекачает его, я подозреваю что проблема может быть связана с антивирусом