Делаешь 2 насоса, один на осушение, второй на опустошение канистр.

Который на осушение, работает по понятному принципу.

Который на опустошение канистр, трубу от него отводишь над двумя поршнями, что-бы он качал воду на них. Поршни замыкаешь редстоуном, что-бы они постоянно открывались и закрывались, включаешь насос, что-бы он выкачивал воду из канистр, бинго. Вода ставится на поршни, порнши активируются и удаляют воду, и так по кругу. Успевай только канистры менять. Кинул бы с картиночками, но тему на форуме врядли найду, а билд не работает.