Прозрачные не будут. Сейчас заменить файл HD блоков нельзя т.к он проходит проверку.

До этого я пытался делать свой текстур пак блоков, но прикрыли возможность.

Остальное поменять можно. подробнее тут Иконки и Текстуры HD.