Причина и следствие: поршни пропадают тогда, когда не подгружается чанк (отключение игроков от сети, уход игроков с данной территории) и поршни при этом находятся в промежуточном состоянии между активен/неактивен.
Для себя решение нашёл в существенном уменьшении частоты срабатывания поршней (за счёт значительного увеличения кольца рельс для вагонетки).