Во время вайпа (или перезагрузки всего мира/ возможно и просто обновления чанков) животные также обновляются, но правильнее сказать заменяются. Возможно вы когда-нибудь замечали, что на территории города покрытого землей появляются живность (она аналогично появляются на любой другой подобной территории, но в городе это заметнее всего). В момент такого обновления умирают другие животные в этом мире, если постоянно воспроизводить потомство, то оно с очень мизерным шансом может исчезнуть, ну а если же фауна вашей территории давненько не обновлялась, то рано или поздно она почистится, заменяясь на мобов в других чанках.