В интерфейсе установки/изменения зон отсутствует возможность изменения размера зоны по координате Y. После того, как были убраны команды управления зонами, изменить высоту зоны стало невозможно.
Это необходимо, например, если игрок нашёл свободное место на карте размером 100х100 и хочет поставить дом на полную высоту карты - от 1 до 128. Установив зону 100х100, он получит и высоту, равную 100, и никак не сможет её увеличить. Необходимость уменьшить зону тоже часто возникает.

http://forum.minecraft-galaxy.ru/userissue/597