чтобы например альянс кланы не могли друг друга атаковать

Они и не могут друг друга атаковать.
может еще у ника был какой-нибудь флаг показывающий, что данный человек из союзного клана.

Каждый клан состоящий в альянсе, знает по знакам союзные кланы)
Так же можно сделать казну альянса, которой смогут управлять все лидеры клана, состоящие в союзе. Т.е, кланы могут скидывать голд в казну альянса, а после лидеры уже распределяли ее и закупил на нее все необходимое.

А вот это интересно уже.