Для надёжности. Если в момент, когда насос пытается вылить воду, выходное отверстие окажется заблокировано открытым поршнем, то насос застопорится.

Задержка на повторителе сейчас может быть нужна уже другая. Параметры редстоун-схем время от времени меняются, и задержки приходится подбирать заново.
Как я писал в заглавном посте, во время работы схемы отходить далеко от неё (дальше 8 чанков) или выходить из игры не следует (чтобы чанк с генератором не замораживался). Если этого не делать, то генератор сигналов должен работать стабильно.
А полностью устойчивых к зависанию при заморозке чанка ред-схем не существует. Даже если использовать вагонетку или ночной фонарь, всё равно может зависнуть какой-нибудь редфакел или любой другой элемент цепи. Можно лишь снизить вероятность этого.

Не понял, как вы ставите несколько поршней, куда они выдвигаются?