При ударе рукой игрока, в броне кузнеца или медика, с действующим эффектом "экипировка" прочность каждой части брони падает, но по окончанию эффекта: урон наносится только по ботинкам. Почему урон не наноситься по каждой части во втором случае?

Потому такая механика. При уроне в 1 ед сет ломается по частям, иначе он бы слишком быстро сносился от огня и тд.