Когда я поднимаю факел он не попадает в инвентарь, а просто исчезает (если в инвентаре до поднятия не было ни одного факела).

Скорее всего у вас была другая профессия с доп. слотами, в которых остались факела. Сейчас факела подбираются в эту ячейку, пока она не заполнится. Единственный способ вернуть содержимое этих ячеек - много раз умирать и ждать пока оно выпадет.