Во время грифа я заливал территорию насосом и случайно сделал лишний уровень воды, после включил режим "In" и высосал обратно этот уровень, затем заметил, что по краям вода не уходит и источника воды нет, данный баг мешает и нужно его убрать. Спасибо.

Это не баг. Радиус действия трубы не достал до потоков образованных от вылитых источников, поэтому они и не убрались.
Чтобы их убрать либо достройте участок трубы, либо закрывайте блоками.